前身為西藏阜康醫(yī)院心腦血管分院，位于娘熱南路20號(hào)，距離綜合院區(qū)200米，房屋建筑面積約9400㎡，其中醫(yī)療用房建筑面積約8300㎡，于2015年8月正式投入使用。設(shè)有骨科、普外科、心血管內(nèi)科住院病房，同時(shí)設(shè)置了麻醉科、手術(shù)室、ICU病房為手術(shù)患者服務(wù)，合計(jì)床位114張。院區(qū)二還設(shè)置了中醫(yī)康復(fù)科開展針灸理療服務(wù)。住院區(qū)一樓設(shè)置了影像科，我院最新引進(jìn)的西門子3.0T核磁共振設(shè)備就安裝該院區(qū)，目前已通過驗(yàn)收開始為患者服務(wù)。
2019年4月根據(jù)西藏自治區(qū)衛(wèi)健委設(shè)置三級(jí)綜合醫(yī)院的批復(fù)(拉衛(wèi)醫(yī)發(fā)〔2019〕5號(hào))，與西藏阜康醫(yī)院、阜康婦產(chǎn)兒童分院、阜康健康體檢中心合并組成新的西藏阜康醫(yī)院，成為院區(qū)二（住院區(qū)）。同年6月2日經(jīng)拉薩市衛(wèi)健委審核通過，西藏阜康醫(yī)院正式成為國家三級(jí)綜合醫(yī)院。
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